Odborný partner
Na šlechtění masného skotu plemen aberdeen angus, na využití genomické selekce se soustředila Ing. Zdeňka Veselá, Ph.D. a popsala také sonografické měření nejdelšího zádového svalu u tohoto plemene.
Řekla mimo jiné, že přestože se v ČR kvalita masa neodráží v jeho ceně, upřednostňuje mnoho chovatelů masného skotu zvířata s lepšími kvalitativními ukazateli. Jedná se především o producenty jatečných zvířat, kteří realizují prodej ze dvora. Z toho důvodu bylo v roce 2019 v rámci řešení konkrétního projektu a na základě zájmu chovatelů plemene aberdeen angus spuštěno pravidelné roční sonografické měření vlastností souvisejících s kvalitou masa.
Cílem byla předpověď genomických plemenných hodnot pro sonografické měření nejdelšího zádového svalu (MLLT). Dalším cílem bylo porovnání konvenčních plemeněných hodnot s genomickými, ale také porovnání odhadu genomických plemenných předpovězených metodami SSGLUP a wssGLUP. Masný skot se genotypuje od roku 2018 a v současnosti jde celkem o o 33 147 genotypů a z toho je 8588 genotypů aberdeen angus. Plemeno je v České republice nejčetnější.
Měření ultrasonografem
Sonografická měření nejdelšího zádového svalu probíhala během čtyř ročníků – 2019, 2020, 2022 a 2023. Měření vždy prováděla jedna odborná hodnotitelka podle metodologie Breedplan. Měřili se čistokrevní jedinci aberdeen angus (AA) ve věku 200–500 dní a bylo jich 2677. Celkem se hodnotilo 7251 zvířat s rodokmenem (3 generace). Soubor byl před počítáním očištěn tak, že byla vyřazena zvířata bez rodokmenu (58), zvířata jiných plemen než čistokrevný AA (61), ta u nichž byla poznámka nezadávat (3), zvířata mladší než 200 dní (4) a starší než 500 dní (38), zvířata, u nichž nebyly hodnoceny všechny čtyři vlastnosti (1) a zvířata s neznámou hmotností při hodnocení (1) i ta, která měla záznamy s více než jedním odlišným hodnocením (22). Celkem bylo vyřazeno 177 zvířat. Pro hodnocení jich zbylo 2500 (1354 jalovic a 1146 býků). Počet hodnocených a genotypovaných jedinců byl 7251.
Vytvořil se průnik SNP na všech použitých čipech u genotypovaných jedincích. Při sonografickém měření se zjišťovaly hmotnost při měření nejdelšího zádového svalu (MLLT), plocha MLLT, tloušťka tuku na zádi, tloušťka tuku nad roštěncem a podíl intramuskulárního tuku.
Genomické plemenné hodnoty (PH) byly předpovězeny metodou ssGLUP. Konvenční PH zohledňují matici příbuznosti na základě rodokmenových údajů. Genomické PH zohledňují matici příbuznosti upravenou po zahrnutí genomických příbuzností, jde tedy o zpřesnění příbuznosti. U konvenčních PH se předpokládá, že vztah mezi jedincem a otcem je 0,5, že každý rodič předává 50 % své genetické informace. Ale vlivem crossing overu ji může ve skutečnosti předávat 38–65 %. U genomických PH dochází ke zpřesnění., k navýšení spolehlivosti předpovězených PH.
Pro počítání byla vytvořena modelová rovnice s pevnými efekty: skupina vrstevníků – chov + den měření, pohlaví telete x dvojčata, věk matky v rocích (do 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 let a starší) a kvadratická regrese na věk při měření ve dnech. Náhodnými efekty v rovnici byly jedinec a náhodná reziduální chyba.
Pro odhad genetických parametrů byl soubor upraven tak, že byly extrémní hodnoty smazány, minimální počet vrstevníků byl pět a minimální počet potomků po otci byl tři. Počet jedinců po úpravách byl 2281. Používal se AIREMLF90 a Multitrait Animal Model.
K předpovědi vah SNP byl využit program postFSf90. Vážená jednokroková metoda wssGBLUP na rozdíl od klasické ssGLUP zohledňuje při tvorbě matice příbuznosti u každého SNP odlišnou vysvětlitelnou proměnlivost.
Podle podílu genetické proměnlivosti vysvětlené jednotlivými SNP byly detekovány jistá místa na chromozomech. Při výpočtu u AA byly při grafickém znázornění patrné píky na chromozomu 6 (u hmotnosti při ultrazvukovém měření, tloušťce tuku nad roštěncem i na zádi a podílu intramuskulárního tuku), který podle literatury má vliv na průměrný denní přírůstek, hmotnost, hmotnost JUT, křehkost masa, plochu MLLT, tloušťku tuku nad roštěncem, délku těla, hmotnost kostí, podíl libového masa, příjem krmiva a obtížnost telení (geny LAP3. LCORL). Chromozom 20 (u zjišťování tloušťky tuku nad roštěncem a podílu intramuskulárního tuku) ovlivní podle literatury průměrný denní přírůstek, hmotnost, dlouhověkost, šířku zádi, obtížnost telení.
Závěry
Ing. Veselá uzavřela svou přednášku o genomice plemen aberdeen angus s tím, že byly zjištěny významné rozdíly mezi předpovězenými genomickými a konvenčními PH, protože genomické PH mají vyšší spolehlivost odhadu především u genopypovaných jedinců. Rozdíly mezi genomickými PH předpovězenými metodami ssGLUP a wssGLUP jsou nepatrné, ale přitom dochází k lehkým změnám v pořadí jedinců (mezi nejlepšími 20 zvířaty) podle předpovězených PH. wssGLUP je výpočetně a časově náročnější v případě výpočtu pro AA zhruba patnáctkrát. Rutinně se bude využívat ssGLUP, ale vzhledem k malé velikosti souboru je možné přejít na wssGLUP.
Chovatelé plemene aberdeen angus mohou na základě odhadu genomických PH a sonografickém měření MMLT pro své základní stádo vybírat z tohoto pohledu ta nejlepší zvířata.
