Provoz zemědělské bioplynové stanice je organickou součástí mnoha činností v rostlinné i živočišné výrobě a díky těmto synergiím funguje i v krizových situacích velmi dobře. Bioplynové stanice zlepšují ekonomiku podniků, ale s respektem k životnímu prostředí a lokálním podmínkám. Vyrábějí čistou energii, pomáhají využití bioodpadů, výstupní digestát jako hnojivo snižuje potřebu průmyslových hnojiv a zlepšuje kvalitu půdy. Současně přinášejí ekonomický prospěch i místním obyvatelům a okolnímu regionu.
Novou šancí i pro zemědělské bioplynové stanice je produkce biometanu a jeho vtláčení do plynárenské sítě. Podle studie Komory OZE lze v Česku během krátké doby nahradit biometanem nejméně deset procent spotřeby fosilního zemního plynu. A to je důležité pro ochranu klimatu i pro energetickou bezpečnost a nezávislost.
Bioplynové stanice pak mohou sloužit i jako flexibilní zdroje pro regulaci distribuční elektrické sítě. Přes léto například vyrobí více biometanu, v zimním období naopak více elektřiny a tepla jak pro potřeby okolí, tak pro podporu distribuční sítě při snížení dodávky například z fotovoltaických zdrojů.
Příkladem vývoje je nedávno otevřená biometanová stanice v Zemědělském družstvu chovatelů a pěstitelů Litomyšl na Svitavsku. Stanice vyrábí elektřinu a teplo, ale významná část bioplynu se čistí na biometan, který se dodává do čerpací stanice CNG a po dohodě s plynaři i vtláčí do plynárenské rozvodné sítě. Jako vstupní suroviny jsou využity hlavně vedlejší produkty z živočišné a rostlinné výroby. Investici za téměř 50 milionů korun realizovala společnosti Hutira, z fondů Evropské unie družstvo získalo dotaci 35 milionů korun.